در بخش فلوسیتومتری، ارزیابی دقیق عملکرد سیتومترها، کیت‌های رنگ‌آمیزی سلولی، آنتی‌بادی‌های فلورسنت و نرم‌افزارهای تحلیل داده انجام می‌شود. در این بخش، آنتی‌بادی‌های مونوکلونال مورد استفاده برای مارکرهای CD شاملCD3، CD4، CD8، CD19، CD45  و سایر مارکرهای ایمونوفنوتایپی بر اساس مجموعه‌ای از شاخص‌های عملکردی دقیق ارزیابی می‌شوند. این ارزیابی‌ها با استفاده از نمونه‌های تازه خون محیطی، سلول‌های کنترل و جمعیت‌های مرجع انجام می‌شود تا رفتار واقعی آنتی‌بادی در شرایط عملی تشخیص سنجیده شود. مهم‌ترین شاخص‌های ارزیابی آنتی‌بادی‌های فلوسیتومتری شامل اختصاصیت اتصال به جمعیت سلولی هدف، شدت فلورسانس و نسبت سیگنال به نویز، پایداری سیگنال در طول زمان و شرایط نگهداری، واکنش متقاطع در جمعیت‌های نزدیک یا مشابه و عملکرد آنتی‌بادی در پنل‌های تک‌رنگ و چندرنگ می باشند. فرآیند ارزیابی با استفاده از استانداردهای معتبر بین‌المللی در ایمونوفنوتایپینگ، اصول فلوسیتومتری، و الزامات سازمان غذا و دارو طراحی شده است. در نهایت، خروجی این بخش یک گزارش تحلیلی و کاربردی است که نقاط قوت و محدودیت‌های محصول را به‌صورت مستند مشخص می‌کند،